První veřejná výzva k založení muzea v Českém Krumlově byla zveřejněna 10. dubna 1891 Josefem Wiltschkem, vydavatelem a odpovědným redaktorem listu Deutsche Böhmerwaldzeitung, s názvem „Muzeum v Krumlově“.
V dubnu 1892 přinesl Böhmerwaldzeitung č. 14 (s. 107) zprávu Městské muzeum v Krumlově.Referent (zřejmě opět J. Wiltschko) sděloval, že 26. března došlo v radničním sále za předsednictví pana starosty Franze Schindlera k faktickému založení městského muzea. Zpráva poté uvádí složení přípravného výboru. Od dubna 1892 začala fungovat šestičlenná pracovní komise, která měla za úkol vytvořit podmínky pro shromažďování finančních prostředků, zabývala se budoucí organizací muzejních sbírek a shromažďováním hodnotných sbírkových předmětů, případně zápůjček.
Plánované členění sbírek muzea Prehistorie, Církevní památky, Válečné a lovecké zbraně, Předměty užitého umění, Přírodniny, Pomníky a památníky.
Předměty pro budoucí muzeum začaly být shromažďovány v registratuře městského úřadu na radnici. Zapisovatel přípravného výboru korespondoval s Ústřední komisí pro umění a historické památky ve Vídni a přípravný výbor se seznamoval s principy fungování některých muzeí ( Berlín, Salzburg a Olomouc).
Po tomto slibném začátku se však příprava muzea až do roku 1904 zastavila.
Výzva „Ke zřízení městského muzea v Krumlově“ z 27. prosince 1912 podepsaná starostou Fr. Khemeterem obsahovala stručný text s popisem význam muzea pro seznamování a studium duchovního i materiálního dědictví předků v podobě předmětů uměleckého charakteru. Zároveň byli obyvatelé, spolky a instituce požádáni o darování nebo zapůjčení předmětů, pro které byla na radnici vyhrazena místnost.
Městské muzeum zahájilo činnost v budově tehdejší německé chlapecké obecné a měšťanské školy v Linecké ulici dne 1. dubna 1916. Místnosti byly původně bytem. V roce 1923 byly opět určeny k obývání a muzejní expozice se musela vystěhovat. Krátce bylo opět zpřístupněno ve čtyřech místnostech v tehdejším studentském domově v Kaplické ulici, ale již v prosinci 1923 se muselo vystěhovat. Muzeum bylo uzavřeno a až do roku 1932 zůstaly jeho sbírky ve sklepě.
Činnost muzea skončila v roce 1939 urychleným vystěhováním do provizorních prostor na českokrumlovském zámku.. S tímto řešením však správa schwarzenberského velkostatku a archivu nesouhlasila a další osudy muzejních sbírek v době 2. světové války nelze vysledovat.
Historická tradice současného českokrumlovského muzea, které navazuje na bohatou muzejní sběratelskou činnost v regionu v 19. a 20. století, začala v roce 1946 a první muzejní expozice zde byla veřejnosti zpřístupněna v roce 1952. Od roku 1954 zde působila skupina odborníků z Národního muzea v Praze, aby doplnila sbírky a připravila novou expozici, která byla otevřena v roce 1956 a existovala až do roku 1969. Současná podoba muzea je z roku 1980, kdy byla dokončena rozsáhlá desetiletá rekonstrukce celé budovy a instalována nová stálá expozice Historický obraz Českokrumlovska. Do konce roku 2002 bylo jako Okresní vlastivědné muzeum zřizováno Českou republikou – Okresním úřadem v Českém Krumlově a od 1. ledna 2003 přešlo v rámci reformy státní správy jako Regionální muzeum v Českém Krumlově do vlastnictví Jihočeského kraje.
Základ muzejních sbírek tvoří předměty z bývalého německého městského muzea v České Krumlově, převody sbírkových fondů z jiných míst regionu – ze zrušeného Šumavského muzea v Horní Plané, ze schwarzenberských sbírek v tzv. Románské komoře českokrumlovského zámku, z bývalého kájovského kláštera, ze zrušeného muzea kaplického okresu v Rožmberku nad Vltavou. Většina sbírek však vznikla vlastní sbírkotvornou a výzkumně dokumentační prací muzea. K 31. 12. 2012 spravuje Regionální muzeum v Českém Krumlově 21.500 evidovaných položek sbírkového fondu, což je téměř 34.000 sbírkových předmětů a dále 5.500 knihovních jednotek muzejní knihovny.
Součástí Regionálního muzea je pobočka Památník – rodný domek Adalberta Stiftera v Horní Plané, který mapuje život a dílo tohoto ”básníka Šumavy”. První memorialní expozici zde připravili dr. Hugo Rokyta jako zástupce Státního ústavu památkové péče a ochrany přírody v Praze a tehdejší ředitel českokrumlovského muzea Jan Huleš. Památník Adalberta Stiftera byl slavnostně otevřen 23. října 1960 v den 155. výročí spisovatelova narození. Současná dvoujazyčná expozice Adalber Stifter a rodný kraj vznikla v roce 1993 a obsahově je zaměřena především na Stifterův osobní a tvůrčí vztah k rodné Horní Plané a milované Šumavě. Také v památníku jsou každoročně pořádány krátkodobé sezonní výstavy i další kulturní a společenské akce.