Barokní jezuitská lékárna je ojediněle dochovaným souborem zařízení barokní oficíny a spolu s unikátním keramickým modelem historického jádra Českého Krumlova tvoří nepřehlédnutelný expoziční celek, který se dlouhodobě těší velkému zájmu tuzemských ale i zahraničních návštěvníků.
Základem jezuitské lékárny je zařízení barokní oficíny, které je tvořeno bohatě vyřezávanými, malovanými a zlacenými rohovými regály ze smrkového a borového dřeva s policemi a 70 zásuvkami s barokními krajinami a latinskými nápisy (signaturami). Barokní lékárna má také výraznou malířskou a řezbářkou výzdobu, nad regály jsou dva oválné obrazy světců – sv. Jana Nepomuckého a sv. Pantaleona v bohatě řezbovaných a zlacených rámech, centrálně umístěná plastika Panny Marie a vývěsní štít, který je připisován známému jihočeskému malíři Františku Jakubu Prokyšovi. Základní vybavení lékárny tvoří na dvě stě drobnějších exponátů – hmoždířů, kotlíků, naběraček, dřevěných krabic či skleněných, dřevěných, kameninových a porcelánových dóz, láhví a stojatek, které pochází ze 17. – 19. století. Některé z nádob dokonce ještě uchovávají původní obsah. Pozoruhodným předmětem je železná „oplatnice“, která sloužila k výrobě kulatých oplatek. Celý soubor barokní lékárny byl nákladně restaurován v 70. letech 20. století a dodnes tvoří integrální součást stálé expozice muzea.
